Nel 1959, una immagine pellegrina della Vergine di Fatima fu portata nella città di San Giovanni Rotondo, la città in cui San Pio da Pietrelcina giunse soltanto nel 1916, già frate cappuccino.
Fu proprio qui, nel convento di Santa Maria delle Grazie, che Padre Pio inizia la sua straordinaria avventura di taumaturgo e apostolo del confessionale e dopo aver ricevuto le stimmate della Passione di Cristo nel 1918, che resteranno aperte, dolorose e sanguinanti per ben cinquant’anni, che la Vergine Maria lo guarì. Malato di pleurite e costretto a letto, Padre Pio era oramai dato per spacciato dai medici. Allora, il futuro santo non riusciva più a celebrare la Messa in Chiesa ma soltanto nella sua stanza. La Conferenza Episcopale Italiana aveva deciso di far passare l’icona della Madonna di Fatima nella piccola cittadina del Gargano per omaggiare il frate stigmatizzato che in realtà doveva essere portata a Foggia, a ben 42 chilometri di distanza da San Giovanni Rotondo.
Era un 6 agosto del 1959 e appena il santo frate cappuccino seppe che la Madonna, “l’unica scorciatoia per il paradiso” secondo Padre Pio, era giunta in città, con l’aiuto di alcuni fedeli, chiese di essere portato davanti ad essa per darle un bacio. La Madonna si trovava allora tra i reparti della Casa di Cura Sollievo della Sofferenza, fondata dallo stesso frate cappuccino. Dopo averle dato un bacio pose il suo Rosario nelle mani della Madonna, per poi essere ricondotto nella sua cella.
Padre Pio, vedendo l’immagine della Madonna allontanarsi bisbigliò: «Madre, sono stato malato durante la tua visita in Italia. Ora te ne vai senza guarirmi?». Secondo il racconto dei presenti, uno dei due piloti dell’elicottero che stavano trasportando la Madonna di Fatima verso Foggia decise di cambiare rotta e come riconoscenza verso Padre Pio decise di fare tre volte il giro attorno al convento.
Improvvisamente Padre Pio sentì un sussulto nel corpo. Era guarito. Tant’è che iniziò ad esclamare tra le lacrime: «Sono guarito! La Madonna mi ha guarito!».
Diverse testimonianze raccontano di come San Padre Pio ricominciò da allora a celebrare messa in Chiesa. Scrisse ad uno dei suoi figli spirituali: «Il giorno stesso in cui Ella andò via da qui, mi sentii di nuovo bene. Sono tornato a celebrare la Messa già tre giorni or sono»
il dottore Giuseppe Sala, che lo visitò subito dopo, scrisse nel 1971: «In quel tempo, il padre era già clinicamente guarito dalla pleurite essudativa; si prevedeva una convalescenza, che si sarebbe potuta protrarre per mesi e mesi, obbligando il paziente a sospendere la consueta attività. Padre Pio si riprese in modo inaspettato».